Öğrenim çağına gelen Mustafa, annesinin isteğiyle Hafız Mehmet Efendi'nin mahalle mektebinde öğrenime başladı, daha sonra babasının isteğiyle Mektebi Şemsi İbtidai (Şemsi Efendi Mektebi)'ne geçti. Bu sırada babasını kaybetti (1888). Bir süre Rapla Çiftliği'nde Hüseyin dayısının yanında kaldıktan sonra Selânik'e dönüp okulunu bitirdi. Bu arada Zübeyde Hanım, Selanik'te gümrük memuru olan Ragıp Bey ile evlendi.

Şimdi müze olan Koca Kasım Paşa Mahallesi Islahhane Caddesi'ndeki ev 1870'de Rodoslu müderris Hacı Mehmed Vakfı tarafından yaptırılmış ve 1878'de yeni evlenen Ali Rıza Bey tarafından kiralanmıştır. Ancak o öldükten sonra Mustafa ve ailesi bu evden yanındaki 2 katlı, 3 odalı ve mutfaklı daha küçük eve taşınmışlardır.
Mustafa, Selânik Mülkiye Rüştiyesi'ne kaydoldu ve 1893 yılında Selânik Askerî Rüştiyesi'ne girdi. Bu okulda Matematik Öğretmeni Yüzbaşı Üsküplü Mustafa Sabri Bey anlamı mükemmellik, olgunluk olan "Kemal" adını verdi.[4] Fransızca öğretmeni Yüzbaşı Nakiyüddin Bey (Yücekök), özgürlük düşüncesiyle genç Mustafa Kemal'in düşünce yapısını etkiledi. Mustafa Kemal Kuleli Askerî İdadisi'ne girmeyi düşündüyse de ona ağabeylik yapan Selânikli bir subay Hasan Bey'in tavsiyesine uyarak Manastır Askerî İdadisi'ne kaydoldu. 1896-1899 yıllarında okuduğu Manastır Askerî İdadisi'nde Tarih öğretmeni Kolağası Mehmet Tevfik Bey (Bilge), Mustafa Kemal Efendi'nin tarih'e olan merakını güçlendirdi.[6] Bu tarihte başlayan 1897 Osmanlı-Yunan Savaşı'na gönüllü olarak katılmak istediyse de hem İdadi öğrencisi olduğu için, hem de 16 yaşında olduğundan dolayı cepheye gidememiştir.Bu okulu ikincilikle bitirdi.[7] 13 Mart 1899'da[8] İstanbul'da Mekteb-i Harbiye-i Şahane (Harp Okulu)'na girdi. Birinci sınıfı 27. ikinci sınıfı 11. üçüncü sınıfı 1902'de Mülazım (Teğmen) rütbesiyle, 549 kişi arasından, piyade sınıf sekizincisi (1317 - P. olarak bitirdi.[7] Akabinde Erkan-ı Harbiye Mektebi (Harp Akademisi)'ne devam etti ve 11 Ocak 1905'te Kurmay Yüzbaşı rütbesiyle bitirdi.